如果是卵巢上的小囊肿，不会影响怀孕，主要是不影响卵巢排卵，那么也就不会影响怀孕。如果是大囊肿，那么另一个卵巢还是会排卵，但是会对产生怀孕有影响。
如果是输卵管囊肿，说明输卵管堵塞，渗出物无法流出形成囊肿。不能输送卵子和精子，只能靠另一侧输卵管输送卵子和精子。所以输卵管的囊肿也会影响怀孕，减少二分之一的怀孕几率。如果是韧带上的囊肿，囊肿大的时候会挤入输卵管，也会影响怀孕。所以发现附件囊肿，最好在手术进行治疗。