怀孕孕酮低是由于卵巢功能差，卵巢黄体分泌的孕酮水平不足造成的。
如果胚胎质量有问题，怀孕后体内人绒毛膜促性腺激素水平不足，不能很好的刺激卵巢黄体分泌孕酮，也会导致孕酮水平不足。但怀孕受精卵在子宫腔外着床也会导致体内孕酮和人绒毛膜促性腺激素水平低下。当孕酮水平过低时，孕妇应做超声检查和HCG测试，以进一步确诊。如果受精卵着床在宫腔内，且孕囊大小与实际孕周相符，可以在医生指导下使用孕激素进行流产治疗。如果胚胎发育异常，没有保护胎儿的价值，就要及时终止妊娠。