慢性乙型肝炎的医治主要是以抗病毒治疗为主。一般来说慢性乙型肝炎是不能完全治愈的，医学发展到现在，目前还没有办法彻底治愈慢性乙型肝炎，但是根据病情和感染方式不同及个体不同，部分患者可以控制住病情，甚至终身不复发，达到临床治愈。
治疗慢性乙型肝炎的抗病毒药物分为核苷类药和干扰素，它们的药物性质不同，疗效机制各异，治疗反应也不一样。核苷类药有直接抑制乙肝病毒作用，干扰素也有抗病毒作用，但主要是激发免疫。目前治疗慢性乙肝常用的抗病毒药物以核苷酸类似物为主，如富马酸丙酚替诺福韦片（科菲克），这是目前慢性乙型肝炎治疗的一线推荐药物，能够强效抑制病毒，延缓乙肝患者进展为肝硬化、肝癌。独特的靶向作用，更高效转化，利于治疗。且该药对骨骼及肾脏损害较小，安全性较高。
在治疗慢性乙肝病毒上应遵循早发现，早治疗的原则。如果治疗得晚了，已经发展到肝硬化阶段，则预后不好。抗病毒药物需要长期服用，在治疗的过程中如果经常中断治疗，可能会造成病毒耐药，加大治疗的难度。