巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，对怀孕影响很大，容易造成不孕。
囊肿堵住卵巢，使得卵巢生卵能力减弱，卵子质量会受到很大影响。另外，如果囊肿堵住输卵管，即便能生出卵子，卵子也无法进入子宫，这同样会造成不孕，卵巢囊肿不但易导致不孕，若长期拖延不治，可能会导致恶性病变。目前，对于良性成熟性畸胎瘤、单纯囊肿、上皮性囊肿以及卵巢冠囊肿等良性妇科肿瘤，腹腔镜手术已经成为首选的手术模式。