肾结石碎石的过程中，对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小。
一般问题不大，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与患者局部毛细血管的脆性有关，正常情况下一般都是2-3次血尿，严重的患者2-3天之后血尿也会自行消失。
还有一部分患者有可能会出现肾周的出血，这种情况与患者自身的凝血功能障碍、高血压以及碎石所用能量过大等等情况都有关系，只要碎石之前严格的控制适应症，并把冲击的能量控制在安全范围内，就可以避免。还有一部分患者会出现局部的皮肤瘀斑，与局部的毛细血管脆性有关系，一般不需要特殊处理，预后也不会遗留瘢痕。