最好的鉴别方法是进行冠状动脉CT检查。
心绞痛有一定的诱因，一般在剧烈的运动或情绪激动后会有所发作，而心脏神经官能症的疼痛并不一定会有明显的诱因，会出现突发的疼痛症状。如果患者出现明显疼痛时伴随胸闷、气短、心悸，而且疼痛通常向肩部、背部出现放射样改变时属于心绞痛的症状，而心脏神经官能症疼痛相对比较局限，常局限于心前区和胸骨后。另外，心绞痛在疼痛时通常在舌下含服硝酸甘油，疼痛都会出现好转和缓解，而心脏神经官能症通常服用硝酸甘油没有明显的改善。
神经症患者往往不伴有任何器质性病变，而仅仅是由于神经衰弱和精神心理因素，导致心脏不适症状。也可以在发病时做心电图，明确发病期间心电图是否有变化。