宫颈囊肿一般不会引起肚子疼。怀孕期间肚子疼，应首先排除先兆流产的可能性。宫颈囊肿多是急慢性的宫颈炎症，导致宫颈腺体堵塞，宫颈腺体分泌黏液不能流出，在腺体内堆积而形成的，没有任何的临床症状。
在个别情况下如果患者的宫颈囊肿非常大，宫颈囊肿合并感染时，患者可以出现小腹的疼痛。这种情况通过妇科内检或者是做彩超，可以观测到患者的囊肿比较大，囊肿内液体的回声不均质，而且患者的宫颈局部也会有充血、水肿的情况，是急性炎症的表现。