肾结石疼痛是在肾脏内制造的，所以最初在肾杯或肾盂内。
由于结石的移动从肾盂进入输尿管，输尿管的路径比较长，通常有25厘米长。结石移动过程中输尿管粘膜受到刺激，引起输尿管粘膜水肿，输尿管内平滑肌受到刺激会引起输尿管强烈痉挛收缩。此时，结石的位置稍微靠上的话，腰背部会持续疼痛，并且阵发性会变强，有可能出现疼痛。