非淋病性尿道炎的症状也分为男性与女性，其中男性主要有尿道的刺痒、刺痛、烧灼感，少数有尿频、尿痛。体检可以发现尿道口的红肿、尿道口有分泌物等。女性的非淋菌性尿道炎主要是累及宫颈，近半数的是没有症状的，或者有症状，但缺乏特异性，仅表现为白带的增多。