长期生殖器疱疹的危害会引起生殖器部位出现红斑，可发展为疼痛性水疱。然后水疱破裂，常常遗留溃疡。此外严重的并发症生殖器疱疹可引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、男性不育症、脊髓神经根疾病等一系列并发症，因此，要及时进行治疗。