疱疹病毒是生殖器疱疹的主要病原体(90%），感染后引起最初的生殖器疱疹)。在最初的生殖器疱疹消退后，残余病毒通过外周神经沿着神经轴转移到骶神经节，并长时间休眠。当身体的抵抗力降低或一些激动人心的因素如发烧、感冒、感染、月经、胃肠功能紊乱、外伤等。作用后，潜伏病毒被激活，病毒下降到皮肤粘膜表面，造成疾病损伤和复发。