肺炎衣原体阳性，可能提示衣原体感染。
但要结合症状，肺炎衣原体，是近年来确定的衣原体新种，可引起上、下呼吸道感染。如果有明显的上、下午呼吸道感染症状，可确诊。同样的，肺炎支原体阳性，也可能提示支原体感染，支原体感染主要以间质性肺炎为主，部分患者可能有头痛、发热、咳嗽等呼吸道症状。但是症状的轻重程度不太相同。
支原体与衣原体肺炎症状轻重不一，有时无任何症状。支原体肺炎主要是飞沫传播，症状明显者应该尽快给予治疗。