头孢克肟对细菌感染效果较好，阿莫西林对支原体、衣原体感染效果较好，对大多数细菌有效。
阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好，如肺炎等。阿莫西林是临床上一种最常用，目前应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，但是容易耐药，服用前要询问是否有过敏史。而头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按具体症状体现出主要的治疗效果。
阿莫西林是一类青霉素的抗生素，它的作用特别是对革兰氏阳性菌有比较良好的杀菌作用和治疗效果，特别是有些酗酒，喝了酒的病人，有泌尿系感染或者是做过手术病人，不能用头孢，就主张用阿莫西林，同时怀孕前5个月的孕妇也可以建议用阿莫西林。但阿莫西林这一类型的药，青霉素过敏的、头孢过敏的这类患者是禁忌使用的。