男性生殖器上长小水泡，可能是生殖器疱疹的一种表现，生殖器疱疹是病毒感染所致的，也是可以通过性传播感染的一种疾病。可引起皮肤粘膜以及多种器官感染，通过性接触感染而发生生殖器疱疹。如果确定是生殖器疱疹，那应该用抗病毒的药物涂抹治疗，配合口服抗病毒的药物，并保持局部的清洁卫生，注意清洗。