生殖器疱疹主要采用抗病毒治疗。治疗的目的主要是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等。目前的治疗方法尚不能达到清除病毒、消除复发的效果。平时主要是保持局部清洁、干燥。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。