激光治疗仪对眼睛的伤害很大，诸如视网膜灼伤等。
使用激光治疗仪时所造成的副作用，主要可见于以下几种：一、对眼睛和视觉的伤害。1、处在红外区或微波区的激光辐射可被虹膜或晶体吸收造成热损伤，导致虹膜炎和白内障。2、激光能烧伤生物组织，尤其对视网膜的灼伤最多见。3、眼睛受激光照射后，可突然有眩光感，出现视力模糊或眼前出现固定黑影，甚至视力丧失。4、长期经常接触小剂量和漫反射激光的照射，工作人员一般不会发现自己视力的损伤，有时有一般神经衰弱，工作后视力疲劳、眼痛等，无特异症状。5、激光对眼睛的意外伤害，除个别人发生永久性视力丧失外，多数经治疗后均有不同程度的恢复。二、对皮肤的伤害。激光对皮肤的伤害过程表现为轻度红斑、灼烧直至组织炭化坏死。
激光治疗仪应用注意事项：1、接触性照射：在皮肤没有破损的情况下，探头可以直接贴在皮肤上进行照射。2、非接触性照射：皮肤有破损的情况下，探头距离皮肤2-3cm进行照射。3、照射时将衣服掀开，这样能够达到最佳治疗效果，尤其是深色衣服对光的吸收很强。