先天性马蹄肾会引起疼痛，甚至肾功能降低。
患者可能会出现泌尿系梗阻、排尿困难、泌尿系炎症、慢性便秘等情况，严重时会出现肾积水，还可能会导致肾功能不全。由于肾融合后阻碍其正常上升和旋转，因而它常位于盆腔内或稍高的位置，其输尿管较正常短。多数患者因神经丛、血循环或输尿管受压迫而发症状，可出现腰部疼痛、尿频、脓尿和下腹部包块等临床表现。
一般无需治疗，若是存在上述病症，需及时到医院手术治疗，定期复查。还要养成良好的生活习惯，平时多喝水，饮食清淡，不要熬夜，提高免疫力。