打完乙肝疫苗之后，婴儿很少会有不良反应，但也有少数婴儿会出现局部的红肿和硬结。
乙肝疫苗分为酵母菌重组疫苗及血源性疫苗两种。这两种疫苗接种后都非常安全，极少会发生副作用。少见包括对酵母菌发生严重过敏反应，或者宝宝注射后出现发热，如体温超过38.5℃，也提示可能是发生了不良反应，但是最多持续2到3天就会自然退热。
宝宝接种乙肝疫苗以后，家人应该密切关注宝宝的情况，尤其是体温及精神状态，是否有恶心、呕吐、腹泻、拒奶、哭闹不止等，如有不适，需要及时治疗。