相对来说是比较痛苦的，但可通过打麻药缓解。
结肠镜检查，是目前临床上常见的检查结肠和直肠的检查方法。在发现结肠炎、直肠炎、结肠息肉和直肠息肉、结肠癌和直肠癌方面，发挥着重要的作用，准确率高，误诊率低。但是做肠镜是比较痛苦的，九成左右的患者都还会有痛苦感。结肠镜检查时，需向肠道内注入气体，患者胀痛明显，检查完后仍有疼痛。
做完肠镜要注意三天内不要做剧烈运动，一般情况下需要禁食三天，如过腹胀过于明显，应立刻告知医生或护士，医生会根据状况做出作相应的处理，出院后根据医嘱进食。