相比较来说，胃镜的刺激比肠镜要稍微大一点。
胃镜和肠镜都是临床上常用的消化道内窥镜检查，胃镜检查通过下咽和食管进入胃，观察食管和胃的粘膜，是否有糜烂、胃炎、穿孔和梗阻，肠镜检查是通过肛门将一面镜子放入肠内，观察肠的粘膜，由于人体咽喉和胃的肌肉对刺激反应强烈，粘膜中的神经比肠中的丰富，所以胃镜的刺激大于肠镜。但大多数刺激都在可忍受的范围内，疼痛感较少，只是照的时候不能说话。
但肠镜的前期准备工作比胃镜难受很多，因为做肠镜需要喝泻药，不停地拉肚子直到拉水位置，到了照的时候由肛门进入也是比较难受的。