艾滋病窗口期腹泻药物治疗效果不明显，一般持续1-2周自愈。慢性迁延、反复发作、腹泻频繁，每日5次以上。大便可呈水样便、溏便，表面伴有粘液或粘液泡沫，也有脓血便者。伴随症有消瘦、纳差、发热、恶心、腹痛或吞咽困难。多为急性腹泻，另一些反复发生间歇性腹泻。