盐酸氨糖与硫酸氨糖的区别，需要从纯度以及相对生物利用度来进行判断。
两者从纯度来说，硫酸根的分子量较高，盐酸根的分子量较低，因此，两者在结合了氨糖分子之后，盐酸氨糖的纯氨糖含量要比硫酸氨糖高。两者从相对生物利用度来说，硫酸氨糖葡萄糖要比盐酸氨基葡萄糖低。其次，两者可能产生的副作用也有所不同，盐酸氨糖对于人体的肠胃有一定的刺激，可能会有胃穿孔等副作用，而硫酸氨糖对于肠胃的刺激较小，可能会出现腹痛，腹部不适等不良症状。
在服用盐酸氨糖时，一定要注意对奥泰灵过敏的人是不能服用这类药物的，同时还要注意适量服用盐酸氨糖，