扁平疣主要危害是影响美观。
部分病人因为HPV十六、十八型感染，后期出现鳞状细胞癌可能性比较高，如果扁平疣已经确诊，建议积极处置，尽快祛除疣体，并且要进行HPV的病毒分形，判断何种类型的病毒，如HPV六型、八型，此种情况发生鳞状细胞癌的几率比较低。
建议患者可以采取冷冻、激光或者局部涂药的方式来去除，疗效都是不错的。平时注意饮食，避免辛辣刺激的食物。