黑曲霉菌对人体的危害是会导致感染，造成人免疫力低下。
黑曲霉为免疫正常人耳真菌病中最常见分离菌，还可引起免疫低下患者深部真菌感染，可导致真菌性角膜炎等。黑曲霉除能引起曲霉病外，也能产生黑曲霉毒素。干酪成熟中污染会使干酪表面变黑、变质，对奶油也会产生变色。
建议在遇到发霉食物的时候，不要不舍得扔掉，否则只会对自身健康造成潜在威胁。