支气管镜肺泡灌洗的危害包括麻醉过敏，支气管痉挛，严重会导致休克等。
支气管肺灌洗的危害有麻醉药物过敏，主要表现为胸闷、心悸等，严重时呼吸抑制，心脏骤停。麻醉不充分，操作不当时可引起喉头水肿与喉支气管痉挛。支气管镜可损伤鼻黏膜及支气管黏膜，从而导致出血。灌洗的过程中，患者频繁的咳嗽，不能保证正常深呼吸或空抽及负压吸引时间过长，可导致低氧血症。合并有肺气肿、肺大疱及广泛胸膜粘连的患者在行该检查时有发生继发性气胸的风险。支气管肺泡灌洗过程中的刺激可导致心律失常，血压升高，甚至休克等。
建议患者在医生的指导下进行支气管镜肺泡灌洗。日常注意口腔卫生，多喝水，保持良好的作息习惯，饮食清淡。