吸鼻器的长期使用或会影响鼻腔内的生理平衡，引起炎症或病变。
洗鼻器如果用于无鼻部疾病的正常人或者过度使用，或者是用于洗鼻的液体浓度过高等，会破坏鼻腔内的正常生理环境，影响鼻腔的加温、加湿、过滤、纤毛的功能、分泌的溶菌酶就会遭到破坏，从而影响鼻腔的杀菌抑菌作用。如果在使用洗鼻器的时候压力过大，可能会将鼻腔内的炎性分泌物、一些致病菌，通过鼻咽部流入到咽喉部引起咽喉炎，或者通过鼻窦开口、咽鼓管开口流入鼻窦或者中耳腔引起鼻窦炎或者中耳炎。对于一般的过敏性鼻炎，经常冲洗鼻腔可增加鼻腔对过敏物的耐受性，并可逐渐地使鼻腔对过敏物失去过敏反应。
需要注意的使洗鼻器不能随便使用，神志不清、鼻腔出血、耳朵炎症患者，六岁以下儿童，鼻腔大面积创伤，严重氯化钠代谢障碍和过敏者不宜使用。必须规范使用洗鼻器，严格按照医嘱程序使用。并且不得用清水替换洗鼻剂，那样回导致鼻腔感染，导致鼻腔疾病。