上颌窦囊肿可分为两种类型，类型不同危害也不同。
一种是粘液囊肿。多为单侧出现，囊肿增大的时候可累及周围结构，包括眼眶和颅底。出现眼部症状包括导致眼球移位，严重时压迫视神经及眶上裂，出现视力减退，眼肌麻痹，眼部感觉障碍和疼痛如果囊肿出现继发感染，会发展成为脓肿，其破坏性，会明显增大。另一类被称作粘膜囊肿，这一类危害性较小，生长较为缓慢，并且可在长到一定程度自然破裂。上颌窦囊肿一般不会恶变。
预防：上呼吸道感染时，重视变态反应因素，及时治疗鼻炎、鼻窦炎，保持鼻腔通畅为预防该病的关键。及早检查、发现、治疗病牙，可预防牙源性囊肿发生。牙源性囊肿者需去除病牙，使鼻腔保持通畅。