奶茶中的糖分会升高血糖，容易引发糖尿病。这种糖分还会在体内堆积，容易形成肥胖现象。长期饮用会诱发骨质疏松甚至使记忆力退化和不孕不育。
奶茶中含咖啡因，如果快速大量摄取咖啡因，会引起身体与生理不良反应，如出现神经过敏、易怒、焦虑、失眠等。长时间摄入过量咖啡因易造成骨质流失，对骨量保存有不利影响。摄入过量糖会增加龋齿、超重肥胖风险。长期大量饮用，不仅血脂可能会升高，而且容易致人发胖。部分奶茶中的反式脂肪酸含量也超标。摄入过多反式脂肪酸，会增加患动脉硬化和冠心病的危险性，还可能影响儿童的生长发育及神经系统健康。
最好的解决方法是尽量戒掉饮用奶茶，觉得困难的话可以控制奶茶的饮用量，一般建议每天不要超过200毫升的奶茶，可以降低副作用。