大便正常但肛门有时会疼的原因有：便秘、大便干结用力过度、肛裂、痔疮发作、肛窦炎、肛周脓肿发作、肛瘘、或肛门湿疹等。肛门疼痛原因复杂，肛门处神经丰富并且感觉敏锐，受到轻微刺激时就容易引起疼痛。表现为胀痛、剧痛、灼热感、跳痛等，可发生在便时、便前、便后或者与大便情况无关，多种肛门疾病都可引起。
痔疮是人体肛门局部静脉团曲张引起的非炎性包块，发作时会剧烈疼痛，伴随便血，以鲜血为主。肛窦炎是多以细菌感染为主，肛窦可以分泌粘液以促进大便排出，各种原因导致肛窦感染，都可以出现肛门部的疼痛，并且伴大便次数增多、里急后重、有排便不净感。肛周脓肿疼痛最为剧烈，通常是因为肛窦炎感染所造成的脓液排出不畅的脓液积聚肛门周围压迫神经引起疼痛。
建议温水坐浴3min，保持肛门干燥洁净，便后冲洗，清淡饮食，避免辛辣刺激食物，避免久坐，如果疼痛持续加重，及时专科就诊。
参考文献：
[1]郝润春,刘红,常万松,李永奇,王效珍,方鹏.布兰强长效止疼剂肛门术后应用的临床观察[J].第四军医大学学报,27(22):212.