肠镜检查的是大肠，小肠是看不到的。
如果要检查小肠病变，可以查胶囊内镜，能观察到小肠。肠镜检查是经肛门将肠镜循腔插至回盲部，从黏膜侧观察结肠病变的检查方法。肠镜主要是从直肠进入，经过结肠，最后看到回肠末端。肠镜检查适合大肠息肉，大肠炎症性疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病，慢性结肠炎、结肠癌等疾病，做肠镜之前需要禁食禁水，口服泻药。
建议在吞服胶囊内镜之后至少2小时内禁饮食，2小时后患者可饮水，4小时后可进流质、半流质饮食，检查结束后可恢复正常饮食。