长期适量喝酸奶并不会有什么危害，若一次性喝太多可能就会引起胃肠不适，导致腹泻。
第一，酸奶并不是喝得越多越好，喝酸奶一定要注意适可而止，一般来说，一天喝一两杯就足够了，喝多了不仅对身体没有好处，反而会导致胃酸过多，破坏人体内的电解质平衡，引起脾胃虚寒、腹胀等。第二、长期喝酸奶的话，酸奶本身也是有一定热量的，如果是在原有膳食基础上，额外的多喝同样的会引起体重增加。第三，喝酸奶，最好不要随意搭配，不要和香肠、腊肉等高油脂的加工肉品一起使用，否则容易形成致癌物亚硝胺，同时，酸奶也不宜和某些药物同服，如氯霉素、红霉素等抗生素药物等，它们可以杀死或者破坏酸奶中的乳酸菌。
通常人的胃液酸碱度在PH1-3之间，空腹时的PH值在2以下，而酸奶中活性乳酸菌生长的酸碱度值在pH5.4以上，如果在空腹时喝酸奶，乳酸菌就会很容易被胃酸杀死，其营养价值和保健作用就会大大降低。如果温度过高，酸奶中的有益菌就会失去活性。若一次购买几天的酸奶，应放在冰箱的冷藏室中保存，酸奶的保质期一般只有7-14天。