男人生殖器长疱疹可根据不洁性交史，典型表现，结合实验室检查，明确诊断。男性生殖器疱疹往往有婚外性生活，或配偶生殖器疱疹病史，或其他生殖器疱疹病毒密切接触史。其典型表现会出现簇集性成群的水泡，局部有烧灼感。实验室抗体检测法电镜检查，细胞学检查，血清学检查以及细胞培养法均有助于生殖器疱疹的诊断。其中抗体检测法是目前最广泛的检测方法，敏感性高。