发生晚期梅毒的原因可能是由于宿主免疫力的降低，梅毒螺旋体通过其侵袭性激发炎症的细胞成分，并且引起迟发型的超敏反应，而对器官组织发生了破坏。晚期梅毒常发生树胶肿，树胶肿为破坏性的损害，几乎可以发生于任何器官。对发生于皮肤黏膜、骨骼的树胶肿曲霉治疗效果非常好，但是发生于心脏、脑、肝脏等主要器官的树胶肿则会有生命危险。