尖锐湿疣可以并发恶性变。尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联。有报道明5%~10%的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15%阴茎癌、5%女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的。许多实验研究也证明HPV、尖锐湿疣和生殖器癌三者之间是存在着因果关系的。