灰指甲的检查主要是真菌的检查，通常会取病甲的甲表面、甲下碎屑、甲组织进行真菌镜检，看是否存在菌丝，以确诊灰指甲；为了确定致病菌种则需要将这些甲组织进行培养，确定菌种；另外如果怀疑其他疾病，比如黑色素细胞瘤引起的甲病变，则可以做其他检查，例如B超等。