肛门瘙痒是由一些肛门部位的病变引发的，一些常见的肛肠疾病，如痔疮、脱肛、直肠炎等，都会使肛门周围的皮肤分泌出大量刺激性物质，致使皮肤发炎而引起瘙痒。肛门和周围部位发生皮肤疾病也会引致肛门瘙痒，痔疮由于肛门皮肤皱褶增多，粪便附着于这些皱褶之内没有擦干净，也会引发瘙痒。若肛门感染了某些寄生虫，它们产卵和行动时会导致肛周皮肤瘙痒难耐。