儿童功能性消化不良要改正不良的饮食习惯，平时要多注意运动。
儿童在饮食上不要吃高糖、高脂肪的食物，例如奶油、炸鸡等，儿童脾胃比较虚弱，如果吃了这些食物可能会加重肠胃的负担，饮食上可以吃一些易消化的食物，例如胡萝卜、冬瓜、南瓜等，要适当的进行体育锻炼，可以促进肠胃蠕动，提高身体免疫力。
儿童消化不良也可以在医生的指导下服用健脾养胃的药。