儿童功能性消化不良在医生的指导下服用保护胃黏膜的药物，比如硫糖铝，病情严重的患者同时还需要服用促进胃动力的药物，比如多潘立酮混悬液。
儿童功能性消化不良和心情因素有很大的关系，如果孩子心情过于抑郁，很容易导致病情反复。
平时在吃饭的时候要保持心情舒畅，避免心理过于紧张。还需要养成良好的饮食习惯，不可以挑食。