儿童肠胃炎和消化不良的区别是肠胃炎多数是因为进食不卫生的食物，细菌感染引起的，而消化不良则是由于胃肠功能动力不足或者是肠胃蠕动缓慢导致。
两者服用的药物也有不同，儿童肠胃炎可以在医生指导下服用复方新诺明颗粒或者补液盐治疗，而消化不良可以服用乳酸菌素片或者双歧杆菌治疗。不管是哪种疾病，都需要多喝白开水，补充体内流失的水分。