3岁儿童消化不良拉肚子吃促进消化的药物，必要时还需要服用止泻的药物。
促进消化的药物有乳酶生、化积口服液、小儿启脾冲剂、小儿复方鸡内金散等，等到消化不良症状改善以后，拉肚子的情况会逐渐消失。如果消化不良症状已经完全消失，并且拉肚子还没有完全恢复，同时还需要服用蒙脱石散治疗。
当儿童出现消化不良以及拉肚子的情况时，可以使用热水袋热敷，能够改善病情。