儿童发烧消化不良可以在医生指导下服用药物治疗，还可以通过推拿按摩的方式治疗。
儿童发烧消化不良可能是由于积食而导致的，也可能是细菌感染引起的，如果儿童是因为积食导致的发烧，患者可以在医生指导下服用小儿化积口服液，如果儿童发烧超过38.5度，可以给孩子用上退烧的药物，如果儿童是因为细菌感染引起的发烧消化不良，可以在医生指导下服用头孢克肟颗粒、乳酸菌素颗粒等药物治疗。