三岁儿童肠胃炎发烧可以在医生的指导下，通过服用诺氟沙星胶囊、蒙脱石散等药物治疗。
诺氟沙星胶囊具有消炎的作用，可以将肠胃严重的炎症消除，蒙脱石散可以起到止泻的作用，可以缓解患者腹泻的现象，也可以配合物理的方式降温，比如酒精擦拭身体、并用毛巾敷于头部等。
短时间内也要注意儿童局部的保暖状况，避免局部受凉，使病情加重。