肛门疣是由非致癌的人乳头瘤病毒HPV6型和11型导致的；这些HPV类型会在肛门生殖器疣出现之前或同时被检出。HPV16、18、31、33型和35型也能在肛门生殖器疣中检出与HPV6型和11型同时检出，HPV类型与重度鳞状上皮内病变有关，在人类免疫缺陷病毒HIV感染人群中表现明显。