痛经的原因不同，艾灸的部位也有所不同。若痛经是由于气滞血瘀所致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足太阴脾经上的穴位，如小腹部的中极、关元、神阙、太冲、三阴交等穴，还可以加用合谷、足三里等穴位。若痛经是由于肝肾亏虚所导致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足少阴肾经以及相应背腧穴，如关元、太冲、太溪、脾俞、肾俞、命门等穴。