由于试管婴儿治疗中需要用药物进行促排卵治疗，容易出现卵巢过度刺激综合征，卵巢扭转。试管婴儿治疗需要进行取卵手术，可能出现手术感染，出血，以及脏器的损伤。为了提高试管婴儿的成功率，会给患者移植超过一枚的胚胎，就会出现多胎妊娠的情况。多胎妊娠可能增加早产率，流产率以及产科的各种并发症。此外试管婴儿也有可能出现宫外孕。