由于子宫颈的生理性变化引起。子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或深入腺管，将腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症时，可以使子宫颈腺管口狭窄，导致子宫颈腺囊肿形成。