局麻下手术的病人几乎没有痛苦，保持清醒状态，一般术后两小时就没什么不适。但是对于全麻下用激光或射频治疗的病人，可能在术后一周内出现咽部的疼痛。会厌囊肿手术治疗的方法要根据会厌囊肿的部位和大小来决定。对于较小的囊肿，在门诊喉镜下用活检钳把黏膜瓣挑开，把水放出来。容易复发，用针挑掉后可能再次出现。另一个比较彻底治疗方法是在全麻下、显微镜扩大倍数的情况下，用激光或射频把囊肿完整地切除。