根本上治疗巧克力囊肿，有两种办法。切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。使用药物模拟人工闭经，主要是用药物来抑制卵巢功能，达到闭经的状态，从而使得巧克力囊肿，逐渐萎缩并吸收。