保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。但是想让卵巢内的巧克力囊肿完全消失不太可能，停药后仍有复发的可能。对于一些患者来说，采用手术治疗是最好的治疗方法，尤其是囊肿较大的患者。