痛经是巧克力囊肿最主要的症状，大部分人都会出现，但是也有少数病人没有明显的痛经症状。这种痛经为继发性且逐年加重，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。